泽泻科的系统发育研究(国家自然科学基金39770055, 1998-2000)
单子叶植物离生心皮类的花器官发育和演化(国家自然科学基金30070055, 2001-2003)
中华水韭濒危机制研究(973项目专题G2000046805, 2000-2005)
东亚水韭属植物物种分化机制研究(国家自然科学基金30370098, 2004-2006)
时空格局和环境梯度对中国水毛茛属植物物种形成和分化的影响(国家自然科学基金30570111, 2005-2008)
青藏高原生物多样性的成因及关键植物类群的进化生物学研究(教育部新世纪优秀人才支持计划NECT-05-0619, 2005-2007)
水生被子植物繁育系统的适应性进化研究(中国科学院KSCX2-YW-Z-0805, 2009-2011)
海菜花属繁育系统的适应性进化研究(国家自然科学基金30970202, 2010-2012)
肯尼亚植物资源保护与利用合作研究(中国科学院对外合作重点项目Y129071W01, 2011-2013)
东非生物多样性调查(中国科学院知识创新工程重要方向项目KSCX2-EW-Z-11, 2012-2014)
有趣的水生植物(国家自然科学基金专项31320001, 2014-2016)
中国水生植物标本采集、生物多样性编目和植被资源调查(国家科技基础专项子课题, 2013-2018)
中国西南地区天南星科植物多样性的起源及适应性分化(中国科学院战略性先导科技专项(B类)子课题XDB31010104, 2018-2022)
青藏高原水生植物多样性调查(第二次青藏高原综合科学考察子课题2019QZKK0502, 2019-2023)
埃及药用植物资源收集与应对气候变化的代谢通路研究(国家自然科学基金国际合作与交流项目31961143026, 2020-2022)
《肯尼亚植物志编研》(中国科学院海外拓展工程, 2016- )